Ve vzdálené budoucnosti už lidé neobývají Zemi. Příčina jejich zmizení (nebo možná zániku) není známa, ale jejich nepřítomnost zanechala prázdné místo připravené k zaplnění jiným vnímajícím druhem.

V průběhu nesčetných generací se vyvinul jeden druh skromné včely medonosné, který tuto mezeru zaplnil. Jejich velikost a inteligence rostla, až se z nich stala vysoce vyspělá společnost. Říkají si Mellifera a kromě technologie, kterou si osvojili z lidských trosek, dosáhli značného technologického pokroku až po cestování vesmírem.

Ve hře Apiary každý hráč ovládá jednu z dvaceti unikátních frakcí. Vaše frakce začíná hru s úlem, několika zdroji a včelami dělnicemi. Čeká vás úkol s dělnicemi a budováním úlu: prozkoumávejte planety, sbírejte zdroje, vyvíjejte technologie a vytvářejte řezby, které budou demonstrovat sílu vaší frakce (měřeno vítěznými body) v průběhu jednoho roku Toku. Drahota se však rychle blíží a vaši dělníci mohou provést jen několik akcí, než budou muset přejít do zimního spánku! Dokážete prosperovat, nebo jen přežít?